這項地方美食票選活動分初選、複選2階段進行。初選由民眾投票，投票日到26日止，以郵戳為憑，初選票選的明信片由水試所票數統計與彙整，票數選出前20名店家，晉級7月10日、11日第二階段決選活動。
縣水試所表示，決選邀請專業評審實地到晉級的各店家評比，一部分以先前的民眾投票數為依據，占總分20%；一部分食品審查，占總分80%，其中醬料搭配與口感20%、食材20%、整體衛生20%、在地特色主題性20%，總結兩部分的成績，前10名為十大海蚵料理店家。
水試所長翁自保表示，金門石蚵養殖文化歷史悠久，石蚵料理小吃店家遍布全島，為地區美食的一大招牌，這次評選名店，主要促進地區石蚵產業的發展，並鼓勵店家研究更美味健康的石蚵料理，同時讓金門石蚵美食料理遠近飄香。
獲選的十大海蚵店家由縣府頒贈「優良石蚵美食店家」獎牌，並由縣府與水試所在官方網站上長期推薦，獲水試所推動2012各項石蚵文化觀光系列行銷活動及休閒漁業推廣、展售的優先權益。未來水試所也將輔導入選店家，盼提升金門石蚵美食品質。