世界主要都市捷運系統為避免遭受水患，在系統設計上都有一定防洪保護設施。這些防洪保護措施通常因地制宜，訂定防護對策及標準，以台北捷運防洪規劃設計來說，整體通盤考量捷運設施功能、使用年限、安全需求、工程經濟，以及配合大台北地區防洪計畫堤防安全與保護程度等因素，採200年頻率洪水位加50公分高度，作為台北捷運系統防洪保護標準，包括所有出土段，以及機廠均能有效防止地面洪水灌入。
防洪設施為達到防洪高標，最經濟實惠的做法是將進入地下設施出入口的高程拉高，使地下段不致進水。但捷運局官員也說，高程過高會造成進出車站的旅客爬上爬下不便，因此在顧及旅客便利，對未達防洪標準差距，輔以適當防洪閘門，或在地下結構體內關鍵位置，設置全斷面水密門。
目前台北捷運系統車站出入口防洪措施，出入口平台高度為100年洪水位加15公分，且高出相鄰路面60到120公分；至於設置防洪閘門到200年洪水位加50公分高度。
經過「納莉」颱風慘痛教訓以後，台北捷運對整體系統再作檢討，包括後續路網的新莊線、蘆洲線、南港線東延段、文湖線部分路段、信義線、松山線、土城線，以及板橋線府中站、板橋站等，各廠站洪水防範，將200年頻率洪水位加50公分出水高度，提高為110公分。
另外，捷運局與捷運公司也檢討，與捷運連通人行道、聯合開發大樓，以及其他交通設施的地下交接處設置水密門，與重要機電設備室連通管道、管路周邊縫隙，則以水密性材料填塞或封堵。
依捷運局資料，包括新莊線大橋頭站、丹鳳站，即將通車的新莊線與信義線交會站東門站，以及施工中的松山線松江南京站等臨河車站出土段、穿越河川斷層，以及路網交會站隧道內適當地點，都設置全斷面防水隔艙閘門。
初期路網各廠站，則依據「納莉」颱風淹水高度，檢討改善防洪設施設置或提高防洪閘門高度，另全面（不包括淡水線地面段）再增設至少50公分高的活動式防洪擋板。一夜的豪雨，造成台北市區交通大亂，但捷運仍照常運作，也說明系統營運的可靠度。