台灣高鐵說，清晨發現異物入侵後，就派人到赴現場搶修，上午9時55分，將菜網移除，並由專人巡視軌道、電力、土木結構設施，確定安全無虞後，中午12時恢復雙向運轉。
除台南至左營暫停運轉外，台灣高鐵也將直達車運轉區間調整為台北—台中；沿途停靠各站的列車，變更終點站為台南站。
台灣高鐵同時取消南下127、135、143車次以及北上110、612、126、134、142車次。
台灣高鐵表示，這起事件因屬異物入侵高鐵軌道，有關列車運轉區間變更或班次取消，非屬可歸責高鐵公司的理由，不適用延遲退費規定。台灣高鐵公司也已進行蒐證，研究相關法律措施。