全台受到暴雨襲擊，不少地區傳出災情。馬總統12日上午前往中央災害應變中心視察，了解全台各地的情況。總統在聽取簡報後表示，根據氣象局的預報，未來幾天雨量可能還會繼續增加，他希望各縣市政府都不要輕忽雨勢可能帶來的災情。
總統表示，在莫拉克颱風之前，大家都比較重視風災，現在必須改變這種看法，因為超大豪雨可能帶來的災情不亞於輕度颱風。他也請行政院副院長江宜樺檢討，看是否需要調整防災整備。總統：『(原音)莫拉克真正的可怕之處不是風，是雨；不是風災，是水災。所以這地方讓我們了解到，真正最可怕就是雨水造成的災害，而實際上這次只有西南氣流而已，並沒有颱風。所以光西南氣流就可以造成這麼大的傷害，讓我們學到一個教訓，千萬不要忽略大雨可能造成的問題。』
對於這次有許多民眾願意配合各縣市政府的預防性撤離，總統相當肯定。他並再次強調「防災重於救災、離災優於防災」的重要性，強調離開災害敏感地區，危險就減少一半。總統指出，財產還能賺回來，人命消失就回不來，因此他請大家多配合。
另外，總統也關心撤離的民眾在安置場所的情況，希望他們在驚魂甫定之際，能得到應有的照顧。