由於此次豪雨將持續到14日，經濟部水利署相關河川局及水資源局陸續成立災害緊急應變小組，並與各地方政府密切聯繫，全力提供必要的支援。
經濟部水利署指出，對於這次中南部豪雨，為增加蓄洪空間，已針對阿公店水庫、馬鞍水庫、霧社水庫、牡丹水庫、天輪水庫等5個水庫進行調節性放水。
水利署表示，目前水位已達二級警戒的有二仁溪/南雄橋站；三級警戒的為二仁溪/二仁溪橋站，八掌溪/觸口橋站，急水溪/新營站、青葉橋站，高屏溪/三地門橋站、萬大大橋站、東港溪/潮州大橋站，卑南溪/延平站，請位於水庫下游或臨近河川的民眾注意安全。
此外，經濟部表示，為爭取民眾防災防汛的黃金時間，水利署已針對南投縣仁愛鄉、信義鄉、國姓鄉；嘉義縣阿里山鄉、台南市、高雄市、屏東縣等45個地區發布淹水警戒，請民眾提高警覺，提前做好防災應變準備，以減少生命財產損失。