地震發生時，花蓮北部的和平地區及花蓮市最大震度達5級，地面搖晃時間相當長，不少民眾在睡夢中被驚醒，火車也因此延誤。
台鐵花蓮火車站表示，地震發生後，北迴線經過的路線位於震度5級的範圍內，台鐵依據規定調派人員進行查線作業，清查鐵軌是否有變形、電線掉落、電桿倒塌傾斜等危及行車安全等狀況，約至上午9時確認全線並無危及行車安全的問題後，才逐漸恢復列車正常行車速度。
台鐵清晨5時48分從花蓮開往台北的自強號列車，在地震發生後雖然正常發車，但因查線作業還未完成，台鐵依據規定，將列車時速降至15公里，以維持行車安全，完成查線作業前，另有5班列車也降速行駛，總計導致6班列車出現延誤45分鐘以上的情形。
台鐵花蓮站表示，按規定列車延誤45分鐘以上，乘客可辦理退票，但因地震屬於人力無法抗拒的天然災害，並非人為因素造成，無法辦理退票。