對爭議的證所稅制度，薛琦認為，對自然人課四十％證所稅「有點離譜」，現行證交稅本身就含有證所稅精神，這兩種稅不是「橘子」和「蘋果」比較，而是「檸檬」和「萊姆」，兩者同類，證交稅就是證所稅。
薛琦進一步指出，目前亞洲四小龍當中，對自然人都沒有課證所稅，尤其台灣自然人占股市成交比重六十五％，居亞洲之冠。其它國家自然人占股市比重分別為韓國有近五成、香港有二十％ 、日本有十六％，資本市場不是隨便講公平正義，「能課得到稅才是真正的公平正義」。
證所稅紛擾近來更影響台股成交量，薛琦警告說，現在「量」才是大問題，中實戶如不回來，量就很危險。
市場擔心證所稅對新股ＩＰＯ影響，薛琦表示，今年新股海外回台上市公司有十八家，比去年還多，證所稅影響海外企業回台上市狀況，現在看來不明顯，還在輔導中企業，也未提到因證所稅影響要延掛或撤掛情況。動議版證所稅將ＩＰＯ後繼續持股稅率分級距後，反彈也沒有原先大。但國內新股上市櫃家數，確實比去年減少。
昨日財團法人亞太金融研究發展基金會舉辦「金融與經濟政策研討會」，薛琦在會後透露，今年證交所年度累積績效受到證所稅紛擾，股市交易量大減，原本應該在六月能達到一半績效，現在卻連四成都沒達到。
薛琦指出，去年十一月台股月均成交量不佳仍有八百九十億元，十二月月均量有八百二十億元，當時交易量造成六成券商虧損，今年受證所稅議題紛擾，「現在比去年還慘。」
四月來股市量縮，交易所本來六月應要達到年度績效五成，現在卻只達約四成；依證交所估算，要達到損益兩平的股市日均量是七百八十三億元，上周日均量不到六百億元。