在總統馬英九關切下，花東鐵路改善工程即將完工，交通部鐵路改建工程局也將配合改造沿線火車站，計畫花5年時間，投入新台幣60多億元，將花蓮新城至台東火車站29個車站重新「變裝」。
「變裝」後的火車站將充分凸顯在地自然文化特色，融入當地城鄉風貌，並展現綠能環保車站的內涵，使新的車站成為都市再生及文化觀光發展的發電機。
未來的台東火車站外觀將採取優美的波浪造型，呈現台東面對太平洋的海洋風；車站裝置台東多元族群的文化特色，讓旅客下火車就感受到台東的民族熱情。
由於台東火車站位於卑南遺址公園，鐵工局特別設計了一條廊道，民眾下火車後不用出站，直接可以從廊道走到月形石柱和卑南文化遺址公園，和千年古人時空對話。
民國69年南迴鐵路興建時，在台東火車站後方發現東南亞最具規模的「卑南遺址」，面積廣達15公頃，當時由台大考古隊負責開挖，在台東新站後方的調度車場發現卑南文化第1批文物，當時的台大人類系教授連照美、宋文薰等人帶領台大人類學系學生前往搶救，總計挖掘出2萬多件的古物。