國防部指出，發放戰士授田憑據補償金的對象，依據「戰士授田憑據處理條例」，均係在民國八十六年十二月卅一日規定期限前完成登記者。目前未完成發放的部分人員，主因為家屬地址變遷或現居大陸地區通知不易。
國防部表示，依據「戰士授田憑據處理條例」規定，必須將領取補償金通知書送達當事人，且須完成收執始為有效；而自送達通知書之日起五年內未領取，補償金則歸屬國庫。其中，按 「戰士授田憑據處理條例施行細則」第卅三條規定，領有戰士授田憑據人員死亡後家屬居住大陸地區者，其申請登記核發補償金的程序及文件，由國防部報請行政院核定後執行；因此，國防部於民國八十一年二月廿一日依上述規定，報請行政院核定合於申請補償金現居大陸地區人員，得委託其居住臺灣地區親友代為登記辦理。
國防部進一步指出，在「臺灣地區與大陸地區人民關係條例」第六十八條規定中，現役軍人或退除役官兵死亡而無繼承人、繼承人之有無不明或繼承人因故不能管理其遺產者，由主管機關管理其遺產，故由後備司令部留守處及行政院國軍退除役官兵輔導委員會以遺產管理人身分，代替單身在臺亡故家屬居住大陸地區者申請登記。
國防部強調，有關該部及行政院國軍退除役官兵輔導委員會相關作業及預算編列，均依法令報經行政院核准，皆符合行政程序。此外，後備司令部一０一年編列戰士授田憑據補償金三百萬元，部分人士質疑「戰士授田憑據補償金，違法供送中國大陸五十五億元」，顯與事實不符。