最高法院指責檢方在偵查階段，應善用公權力，指揮警調詳查被告有罪的確實證據，不能等到法院審判時，才要求法院負職權調查責任，檢方應在法院審理中依法聲請調查證據，才能實現正義，讓案件早日定讞。
最高法院認為，該院決議落實無罪推定原則，檢察官應負舉證責任，法官則是中立裁判者，法院不能在檢察官舉證不足時補位。
民間司改會執行委員高涌誠律師認為，吳巡龍作法不當，應向社會道歉，吳自己是檢察官卻違反集遊法。
台灣法治促進會理事長張學海則認為，天底下沒有只顧被告司法人權而不顧被害人司法人權的司法，檢察官不計形象到最高法院前靜坐抗議及有千人連署，此事攸關司法核心，政府應重視。
檢察總長黃世銘表示，他和最高法院院長楊鼎章討論召開研討會交換意見，但最高法院決定不開，很遺憾形成僵局。