即使五月二十九日劉憶如請辭當天，政院的對外發言，也呈現不一致的狀況。據了解，行政院長陳冲是日下午約見劉憶如時，多次表示現在不談辭職的事，還要求她第二天不能請假，要負責把版本整合出來，「請辭待命」的說法，即是陳交代劉回答媒體的答案，不料行政院發言人胡幼偉後來對外說︰「院長沒有說要慰留」，晚間叩應節目於是諷刺劉憶如說請辭待命，是不是要等待馬總統的關愛眼神？知情人士不解︰一個團隊的指令不是該一致的嗎？
請辭當天 政院對外說法不一
稅制公平的手段眾多，為什麼一定要從證所稅開始？據指出，劉憶如在三月二十八日的財政健全小組會議中，邀集了十餘名學者專家進行票選，請大家圈選自認最該優先著手的稅制改革項目是什麼？資本利得稅獲得最高分，遙遙領先第二名的所得稅稅改。資本利得主要包括土地與證券，劉憶如曾報告指出，必須先執行不動產實價登錄，同時要完成相關配套後，才能實價課稅，府院也都認同，因此著手討論證所稅。
財政部於四月十二日公佈財政部版（淨所得三百萬以上的股市獲利，稅率為二十％）之前，劉憶如曾到行政院向閣揆陳冲報告。副院長江宜樺、政務委員管中閔、秘書長林益世及其他許多人都在場。經過呈院報告後，當晚七點鐘劉憶如正式召開記者會宣布。當時，馬總統正在非洲出訪，次日，他也公開表示支持財政部版，並交代財政部要儘快完成證所稅修法，減少對市場的衝擊。當天，股市上漲一二五點，成交量一千億，阿土伯說雖不滿意，但勉強接受，讓提出方案的財政部鬆了一口氣。
不料，四月十三日開始，行政院內部就開始陷入牛步化。四月十九日，由管中閔召集的協調會才終於舉行，金管會主委陳裕璋未出席，但據聞會後，陳裕璋上公文給陳冲，表示由於他未出席，因此會議必須重開，讓管中閔很不解。推動證所稅的一方指出，事後看來，真的像藍委賴士葆所言「背後有一股強大的力量不讓證所稅通過」，只是，究竟誰是那股強大的力量？
協調牛步 似有人在擋證所稅
相關人士表示，四月十九日再拖到四月二十六日，整起事件已經愈演愈烈，「明明可以做得成，但卻有人知道如何使它做不成」，似乎就是當時的寫照。四月二十五日下午，在管中閔再度召集的會議上，財政部終於接受其他部會主張「證交稅抵證所稅」的要求。雖然財政部表示，全世界都沒有這種做法，但考慮本案不能再拖延，因此同意放手。當晚，總統府召開會議，在會議前，行政院去電財政部，再度要求將三百萬免稅額放寬，並將稅率由二十％調降，否則程序無法繼續走下去。即使如此，總統府的會議上，仍是砲聲隆隆，一片反對聲浪，尤其是立法院方面。與會立委說，國民黨立委沒有一人贊成證所稅，並且要求行政院應緩送立法院。組發會主任蘇俊賓則直陳︰「我們到底要不要改革？大家不要忘掉選舉時的承諾」，引起反對方私下議論蘇是代表「誰」？馬英九後來問陳冲︰「明天送院會來不來得及？」陳冲表示可以。
知情者說，四月二十六日行政院會照案通過後，林益世二十七日要劉憶如一個一個打電話給立委們溝通，林且公開指責劉憶如溝通不力。但只見行政院院會通過證所稅法案後，行政院卻硬是在立法院程序委員會結束後才送出，讓推動證所稅的一方再度質疑，究竟是誰在阻擋證所稅的立法？
黨團版本 財政部未參與討論
之後，陳冲在官邸宴請財委會委員，大家以為是談證所稅，但一位與會委員說，陳冲從頭到尾沒談這件事。另外，總統府秘書長曾永權也曾出面與國民黨秘書長林中森、林益世共同邀集一次會議，找財政部、金管會與多位黨籍立委參加，討論了半天，曾永權說，這是一個大工程，是否成立一個整合小組，由政策會執行長林鴻池負責。但之後一個禮拜，財政部完全未獲通知參與討論，直到五月二十八日晚上，劉憶如被告知去參加黨團整合會議，這時的版本是指數八五○○以上課稅，稅率為千分之○．二到千分之○．六，自然人可選擇雙軌制。賴士葆當天一開場就說，大家沒有意見吧！劉憶如表示，這樣的版本形同增加證交稅，等於對散戶加稅，這是搞錯了對象，且上市櫃股票賺錢的人不需繳稅，公平正義何在？賴士葆則不客氣地回擊︰「妳要搞清楚，我們是在幫妳的忙耶！再這樣，我們就走了！」蔡正元也表示︰「不然到立法院去表決，誰輸了，誰走人。」
藍委嗆聲 誰表決輸了誰走人
經此，劉憶如在二十九日早上就向行政院送出辭呈，之後也對媒體發出聲明稿。下午，陳冲主持證所稅的整合會，這是這麼久以來的第一次。會後，陳冲要求劉不談辭職之事，並要她繼續整合。當晚劉憶如回到財政部，從傍晚六點待到半夜十二點，仍與同仁努力折衝，希望整合黨團版，但兩個版本實在太過南轅北轍，顯然無法整合，第二天劉憶如未再踏入財政部，一早即遞出假單，她的請假事由寫著︰「已請辭，自今日起至准辭日止」。