個人部分，為了避免被質疑為選舉考量，實施設算所得和核實課徵的「雙軌制」時間，從原本的2013-2016年，改為2012-2014年，也就是2015年起，個人部分，全面核實課徵，採分離課稅，稅率15%，長期持有1年以上稅率減至7.5%，IPO(首次公開發行)持有3年以上降3.75%。
在第一階段2013至2015年部分，為輕稅簡政，需強制申報證券所得的條件，修正為為未上市上櫃、興櫃股票一年內賣出超過50張者；分離課稅。至於稅率部分，財政部是主張15%，藍營方面是主張10%，持有一年以上減半徵收，此部分送交朝野協商。
已經上市上櫃掛牌未滿一年，賣出超過10張者也需強制申報，分離課稅，稅率也是10-15%；持有一年以上減半徵收。
而非居民(外資)則都需申報，實施期間2013-2014年；而2015年後，一年內股票賣出超過10億元以上者也需強制申報。
至於原先所謂大股東條款，也就是上市、上櫃股票持股比例3%以上的股東、及未加計證券交易所得前綜合所得淨額500萬元以上等規定，則加以刪除。
而「設算所得制」部分則維持，指數8500點以上課徵賣股所得的千分之0.2、9500點以上千分之0.4、10500點以上千分之0.6不變。
在朝野協商後，財政委員會取得共識，將原先的行政院版本、行政院新修正動議版、民進黨版、許添財版及親民黨版本等5個版本，共同送院會處理。而根據立法院職權行使法規定，如果朝野協商，無法取得各黨團共識時，法案需進入一個月冷凍期後才能在送院會討論。