公平稅改聯盟召集人王榮璋痛批，整合版根本就是「維持現況版」，也是所有證所稅版本中最差勁的一個，「設算制」等於只要大盤在八千五百點以下就不必繳稅，誰會選擇「核實課徵制」？核實課徵只是用來掩護設算制的手段罷了。
台經院研六所所長楊家彥也認為，可以單軌的話，為什麼還要搞個雙軌，只是更複雜、擾民而已；稽徵成本也沒有交代清楚。更啟人疑竇的是，民國一○六年祭出落日條款，中間還刻意留下四年過渡期，與馬英九執政時間點相同，很難不讓人聯想到是基於政治利益導向，而非專業考量。
台大經濟系教授林向愷直言，整合版絲毫沒有「抓大放小」效果，因為大戶只要去開人頭戶就可以解決，可預期的是，未來抓不到大戶，也不敢對散戶課稅，到最後就是根本課不到稅。
華南投顧董事長儲祥生也說，「課證所稅的基礎是用綜合所得的收入，真的很奇怪！實在不是很好的課徵方式。」畢竟很多高收入者的獲利來源，不是買賣股票，直接將綜合所得高於五百萬元以上的人視為「大戶」，相當不合理。
楊家彥也說，中、高收入的股民可分成兩種，一種是收入雖高，但主要收入來源還是薪資者；另一群是企業大老闆，大多數所得或持股都不在名下，早就轉讓給親朋好友。按照整合版，前一種人可能要被課稅，後者卻只要把收入和持股門檻維持在課稅規定之下，一毛錢都不用繳，公平正義完全淪喪。