過去一段時間，證所稅、美牛案讓府院黨跌得鼻青臉腫，不論是黨籍立委公然反對府院立場，被外界形容為「馬家軍造反」或「禍起蕭牆」。從經驗來看，過去諸多重大議案一貫採取迂迴繞進，很難一步到位，因為國會本是折衝樽俎的戰場。
馬英九的第一任期，從一開始考監人事案被推翻，府黨運作不順暢，導致後來必須兼任黨魁，掌握大局。馬英九在進入第二任期後，即使兼任黨魁卻仍壓不住陣腳，因為權力結構已出現微妙轉變，府院黨與國會不再是一條鞭的領導模式，老馬不再像過去「喊水會結凍」，黨內機能出現失調。
其實，國民黨過去在野時，包括連戰、吳伯雄都曾以黨魁身分出席黨團大會，尤其以連戰最是特殊；不論修憲、治水預算、財劃法、人事同意權等諸多重大議案，多次靠黨團大會做成決策並祭出黨紀，這是在藍綠對決的特殊時空環境下，避免遭扁政府逐一瓦解或收編。
然而當時藍營的黨紀防線並未奏效，光是二○○二年下半年，一個會期五次祭出黨紀的表決大戰都有跑票紀錄，最後迫使國民黨開除林炳坤等四位立委，另外還有九位立委遭停權、申誡處分。
對照現況來看，即使馬英九順利連任，立委早已是基層實力派，雙方互動不再是從屬關係，非靠老馬加持才能當選。當行政、立法權力結構改變，未來重大政策出了政院，還得要黨團大會背書才算數，行政部門若未能認清此一形勢，恐怕仍會繼續跌得鼻青臉腫。
說到底，黨紀已非控制黨機器的萬靈丹，連戰時期就是一例。關鍵在於，黨機器就像是「桶箍」概念，雖有理念結合，更多是利益關係，並非單純的權力與義務；如何在兩者之間求取平衡，攸關馬英九未來四年如何治國，也要防堵提前跛腳的危機。