律師詹順貴指出，美麗灣案的新環說書只記載半徑十公里內開發案的「名稱」，背景值卻未將其會引起的環境汙染納入，無法正確評估開發案對環境影響，且新環說書「幾乎都抄舊的」，盼環保署善盡主管機關監督之責，不要永遠被動行事。
李根正則痛批，美麗灣環評結論被最高行政法院撤銷竟還重啟環評，已嚴重摧毀環評制度威信，看不出任何環評損害控制，中央主管機關竟拿不出任何辦法，太離譜了。
林子凌認為，環保署曾在台南永揚案主動介入調查，當初美麗灣開發時，環保署則依環保團體一紙函文追查發現該案「應做環評而未做環評」，才促使台東縣政府補做環評，顯示環保署主動調查的重要性。
環保署綜計處長葉俊宏仍強調，「美麗灣若向地方申請就是由地方審查，若向觀光局申請就是由中央審查，美麗灣審查權責在台東縣政府，一切依法辦理」。至於環保署是否負監督責任，他說，「若有不法將負起監督之責，但他們（指美麗灣案）有任何地方不合法嗎？」