更重要的是，縣府再多的「依法辦理」，都無法掩蓋替業者大開方便之門引發的程序瑕疵，以及身為共同開發單位、卻始終「球員兼裁判」的利益迴避爭議。
九十三年台東縣政府招商時，與業者協議的開發面積約為六公頃，隔年廠商卻向縣府要求分割建築基地及其他土地，並宣稱開發面積不到一公頃，藉以規避環評，並獲得縣府同意。台東縣當時的決策是出於鄉愿，或是過度迫切地想「繁榮地方」，如今已不得而知，從此卻為這起開發案埋下種下難以化解的爭議。
台東縣近年積極開發觀光產業，美麗灣也聲稱要打造「頂級休閒度假酒店」，但卻寧願「委身屈就」為一般旅館而不願登記為有利國際宣傳的觀光旅館，藉此迴避中央環評的心態昭然若揭。
而在利益迴避方面，這起ＢＯＴ案，縣府終究是共同開發單位，一手包辦環評大權，顯有利益迴避問題；況且縣府在環評遭判決無效後，並未舉行公聽會或任何補救程序，立刻就要重啟環評審查會，很難讓人相信縣府試圖在振興觀光與維護環境中取得平衡。
不過，也因為美麗灣是ＢＯＴ案，就業者而言，砸了數億經費投入建設，就是因信賴縣政府才投資，如果因司法判決突然喊卡，如何善後必是一大難題。
就法論法，業者對縣府的信賴，因涉及公權力的行使，依大法官釋字五二五號推論，即使行政法規的廢止或變更都適用。也就是案子如果重啟環評法律程序走不通，縣府可能得負責採取合理之補救措施。
也因此，台東縣府重啟環評當下，已啟動行政與司法的抗衡，但因原有環境基礎已改變，如何做出符合法規的環評，有太多變數。可預見，未來的抗爭必更加激烈。