至於兩岸未來的發展以及到大陸訪問的可能性，總統指出，他在520就職演說中就提到，兩岸應「求同存異」，而具體解決方式就是雙方「互不承認主權、互不否認治權」；儘管現階段雙方已簽署16項協議，但針對主權及定位問題，仍未解決。總統表示，他不論到哪裡，都是中華民國總統，因此現在還看不出到大陸訪問的可能性。總統認為，兩岸目前發展的成果，重點是要成為常態及長久的現象，這才是對兩岸人民最有利的狀態，因此他個人是否去大陸訪問，真的沒那麼重要。
另外，關於大陸人權發展，總統表示，他長期關心大陸的人權問題，並非要干預內政，而是目前有100多萬台灣人在大陸生活，因此這些人的權益也要受到保障。例如最近跟大陸談判的「投資保障協議」，其中就包括一些有關個人安全及自由的保障。總統認為，兩岸在人權方面還有些差距，如果能縮短，就能有效縮短兩岸人民的心理距離。總統並表示，他會持續關心人權議題，也希望大陸能善待異議人士，他的出發點是善意的，且依據的不是西方價值，而是傳統中國價值。
至於兩岸經貿交流，總統表示，現在雖然跟大陸簽署兩岸經濟協議ECFA，但後續細節仍需協商，相關單位都在進行。而經濟合作部份，則會持續就現有架構容許的範圍，繼續擴大對話與交流範圍。另外貨幣清算方面，則在積極進行中，但沒有明確的時間表。