台鐵說，這起事故發生在下午2時7分，地點在花蓮光復到萬榮間的光復隧道內。主要是鐵工局東部工程處第3工務段施作地質鑽探，疑似因施工不慎導致鑽桿穿越隧道頂，鋼管侵入路線，造成651次莒光號列車撞擊鋼管，列車主排障器內縮、第1馬達因咬死而停駛。
台鐵表示，事故真正原因，正由台鐵行車保安會調查中。事故後則立即經派人搶修，下午3時53分恢復通車，為維護行車安全，暫以時速5公里慢行通過事故現場，下午4時25分恢復正常行車，台鐵花蓮工務段已要求鐵工局停工， 等原因調查完成後再復工。
台鐵統計，這起事故影響8列次370分鐘，行程受延誤旅客約1700人，其中從新左營經花東開往樹林對號列車231次自強號、新烏日開往台東654次莒光號、台東開往彰化651次莒光號，都延誤超過45分鐘，旅客可在1年之內在各台鐵車站辦理退票，免收退票手續費。台鐵及鐵工局都特別向旅客致歉。