經建會表示，離島建設基金補助目前已實施至離島綜合建設實施方案第3期（民國100至103年），其中在交通及觀光建設補助，占整體補助金額約3成。
陸運方面，已有效改善交通設施水準，保障居民及遊客行車安全，包括道路整建養護，改善道路指標系統，美化道路周邊景觀，汰換金門縣、澎湖縣、綠島鄉等地老舊公車，同時推動金門縣電子票證制度，遊客使用悠遊卡即可暢遊金門，提升在地公共運輸服務品質。
海運方面，改善現有碼頭設施，增加船舶航行安全性，並加強交通船舶維修，如連江縣台馬輪檢修，並在冬季航運淡季時，執行島際間交通船基本航次補貼，委託民營業者加入營運，維持船運正常運量。
空運方面，為滿足連江縣莒光及東引鄉旅客與馬祖本島間基本交通需求，在冬季海象惡劣時提供應急運具，即機動派遣直昇機飛行在連江縣南竿─東引，及南竿─莒光，解決海運停航問題，使交通服務不中斷。
經建會表示，行政院在90年3月16日依「離島建設條例」設置「離島建設基金」推動離島開發建設，平衡離島地區在建設發展上受到限制。未來將持續協調離島縣政府及中央主管部會，從不同層面共同努力，再進一步提升離島運輸流動機能，創造更多觀光主題，吸引更多客源，活絡更多地方特色產業，提升在地經濟。