但除ＷＨＡ召開期間台灣得以「中華台北」（Chinese Taipei）名稱與會，世界衛生組織（ＷＨＯ）內部文件仍以「中國台灣」（Taiwan,China）稱呼台灣，是美中不足一大憾事。
邱文達在第六十五屆ＷＨＡ大會中，以「邁向普及化全民健康」為題，與各國分享台灣全民健保經驗時表示，台灣健保納保率高達九九．六％，經濟弱勢族群亦能獲得政府保費補助而納保，美國有線電視新聞網（ＣＮＮ）日前以專題方式報導台灣的健保制度，且每年平均超過五十個國家組團到台灣參訪全民健保，顯示台灣健保成就已獲得國際高度肯定。
針對台灣的「名稱」問題，邱文達在演說中呼籲各會員國支持我國以「世衛大會模式」，擴大參與ＷＨＯ其他會議與活動；還在ＷＨＯ秘書長陳馮富珍當選連任後，立刻遞上私函，除禮貌性祝賀，也再度表達我國絕不接受ＷＨＯ不公平待遇的嚴正立場。
黃天如/專訪
「世界衛生大會（ＷＨＡ）每年雖然只有短短五天，但對國家的提升實在太重要了！」衛生署長邱文達信心滿滿地表示，世界衛生組織（ＷＴＯ）近年關注的議題漸轉至台灣較強項的全民健保等健康照護議題，只要能掌握契機，發揮影響力，人口、地域雖小的台灣也有機會躍升為「衛生大國」。
邱文達說，衛生署將推動「三年百人培訓計畫」，以衛生單位在職公務員為主要對象，加強培育國際醫療外交及談判人才，結合醫療實力，希望能為台灣的外交困境開拓大道。
連續兩年以「中華台北」衛生部長（Health Minister）名義，率團參加世界衛生大會，表面上看來「稱謂」完全沒變，但邱文達強調，「此次我感受到被尊重的程度，與去年完全不可同日而語，那種可以代表國家與世界大國平起平坐的感覺，真的很好！」
他說，能夠有這樣的轉變與斬獲，與我國四年來參加世界衛生大會時，在各項技術性會議的專業發言與優異表現，有直接關係。影響所及，台灣代表團今年實際派員參與的技術性會議，從去年的十項，增加到今年的十六項，且獲得許多迴響，「這是需要靠實力的！」
邱文達說，台灣代表團在短短的三天內，就與美國、歐盟、日本、英國、澳洲等大國在內的十國進行雙邊會談，日本是首度與我國就醫療相關議題進行雙邊會談。能與日本外交關係能有這樣的突破，與台灣全民在日本三一一地震時的愛心表現有很大的關係，凸顯外交不只是單一部會的責任，政府團隊與人民都需要努力貢獻。