法人課證所稅的方式仍採最低稅負制 稅率提高到12%-15%
最新總統府修正版證所稅僅對法人作部分更動，對法人課證所稅的方式仍採最低稅負制，稅率由原來10%-12%提高到12%-15%，不過，原本藍版是將長期優惠從持股3年縮短為1年以上所得減半課徵，「總統府版再將法人長期減半優惠由1年改回原來的3年」。
自然人部分並未做任何更動，仍採雙軌制課稅，可選擇「核實課徵」或「設算所得課徵」，前者股票的獲利納入綜合所得稅，稅率5%-40%不等，盈虧可互抵3年，持股1年以上享有減半優惠，後者則於台股8500點以上時，以1000點為級距，分別課徵千分之0.2-0.6的證所稅。
不過，從財政部版至政院版，再到黨團版，現在總統府的修正版又出爐，市場人士多半認為，越改越複雜，而雙軌制喪失量能課稅的情形也沒有納入此修正案的考量下，僅做持股減半的期間調整。
據了解，府院高層今晚在總統府召開證所稅案協調會議，與會者包括府秘書長曾永權、中央政策會執行長林鴻池、行政院秘書長林益世、國民黨秘書長林中森、財政部次長曾銘宗以及國民黨財委會相關委員等，接下來積極將總統府版趕在6月15日立法院會期結束前定案。