國民黨立院黨團的證所稅方案採取「設算所得課徵」及「核實課徵」雙軌進行。對於國民黨團的版本，民進黨團總召柯建銘認為設計非常複雜，且與行政院推出的修法意旨差距甚多。
柯建銘表示，國民黨團設定大盤指數8,500點為起徵點，雖然討喜，但也可能成為台股指數的「天花板」。他說：『(原音)這當然比較討喜，但這也可能造成8,500點是一個屋頂，因為股票到8,500可能會有一個很大的關卡。另外，他的雙軌制基本上高度複雜，也喪失量能課稅的精神。』
親民黨團總召李桐豪也認為，證所稅「一法兩制」萬萬不可，且課稅基礎不應根據「設算」決定，也不應由人民承擔「設算」的成本。李桐豪指出，修法過程中如有必要，親民黨團將提出朝野協商。他說：『(原音)證所稅應該有的精神跟證所稅推動的原意都遭到扭曲，在這種情況下，我們當然偏向於茲事體大，希望進一步協調、溝通。親民黨為了修法完備性起見，我們有必要進行相關的協商。』
證所稅的朝野版本已到齊，外界關注是否會在本會期闖關。立法院程序委員會今天預計將民進黨版證所稅案排入6月1日院會議程，如果沒有意外，預計6月4日排入財政委員會審議；國民黨團則會在委員會審查時，針對行政院版本的證所稅案提出修正動議。不過，除了親民黨表示如有必要將提協商外，台聯黨團也表明將提出朝野協商，不會讓國民黨版的證所稅在本會期闖關。