土溝農村文化營造協會創始會員、社區規劃師林永崙表示，公告中的「土溝社區農村再生計畫草案」，偏向過多私人空間改造，屬於土溝居民的公共空間「中山堂」卻未列入改造，令人遺憾。事實上，計畫中有多處私人建物營造規畫，土地、建物權屬同意書是否具法律約束，近幾年已出現爭議，例如，文建會曾補助土溝農村文化營造協會辦理「水牛起厝」，最後老牛賣了，老牛的厝也被主人拆了，無法永續經營，更引發是否浪費公帑爭議。
他指出，再就近來台南市法華寺古蹟維護爭議，文化局興訟敗訴，也引發各界關注私有建物古蹟維護議題，以目前社區內活動中心等空間利用率來說，透過農村再生計畫等經費，除可研議活化外，更能永續經營，也能避免公部門私授利益之嫌。
此外，他認為，土溝農村再生計畫針對二輪中排改造，由專家學者引日本源兵衛川為例，事實上，兩地環境不同，例如土溝二輪中排溝深，兩者無法相提並論，再者，計畫中也未提到如何因應豪大雨水流湍急，且私人用地同意營造溼地淨化水質，使用年限是否符合永續經營，例如，台南市某處社區也曾進行溼地淨化水質計畫，結果地主收回溼地土地，計畫無法永續，政府投注的補助經費化為烏有。