消基會質疑美牛都用血糞餵養一節，農委會經查證指出，美國自1997年開始即禁止哺乳類動物蛋白質作為反芻動物（如牛羊等）之飼料（包括血粉），另自2008年起更禁止30月齡以上牛腦及脊髓等高風險物質製造肉骨粉以餵飼其他動物。為確認美國執行飼料禁令落實程度，查核團也在各個查核點就此部份進行了確認。
美牛查核團返抵國門，並表示OIE正針對非典型狂牛症進行資料蒐集與研究，在未有結論前，非典型狂牛症之衛生標準適用於現行典型狂牛症之相關規範。（圖片提供／農委會）
另外，針對僅發生於高齡牛隻之非典型狂牛症的科學性爭議，以及「L型非典型狂牛症更易感染人類」的說法，農委會表示，經洽世界動物衛生組織（OIE）總部負責科學技術部門的副執行長Dr. Kazuaki Miyagishima表示，OIE正針對非典型狂牛症進行資料蒐集與研究，在未有結論前，非典型狂牛症之衛生標準適用於現行典型狂牛症之相關規範。
目前有媒體引用以基因轉殖小鼠（非反芻動物）做為實驗對象，並以人工在腦內接種的方式，以其所得結果推論為非典型狂牛症更易感染人類乙節，不論其實驗對象以及實驗操作方式是不正確的。
農委會強調，依國際慣例，輸入國赴輸出國進行生產設施查核，相關行程均須經雙方協商後達成共識。本次查核時間上較為急迫，但因獲美方高度重視，經雙方協調後，查核團實際全面查核屠宰場合計輸台量占34.67％，再加上重點訪視的5家屠宰場，總計涵蓋輸台牛肉總量的63.31％，高於歷年查核比率。
至於美國牛肉產業的其餘生產環節，美方也配合我方要求，安排了查核團訪視化製廠、飼料廠及養牛場等，以瞭解美國針對狂牛症之各項防疫作為與措施。整體而言，查核結果認為美國輸台牛肉安全無虞，相關詳細報告，預計6月上旬對外公布。