中興大學應用經濟系教授陳吉仲痛批，彰化是台灣第二大糧倉，擁有全台最多農戶數，水稻年產量占全國廿％以上，中科四期用水排擠農業用水，將造成無可彌補的農業損失，甚至導致台灣糧食安全危機，估計最大損失兩萬公頃良田、十五萬噸水稻、三十七．二億產值，「農田是國家的後盾，工程將摧毀全國農業發展。」
中科四期調度農業用水工程沿著莿仔埤圳埋設專管，引爆工業農業搶水大作戰。面板大廠友達確定不進駐中科四期後，今年三月國科會宣布轉型，長期用水將從十六萬噸減少為兩萬噸；但耗資廿三億的中期調度農業用水工程卻持續動工，預期從今年至一○四年每天調度農業用水六．六五萬公噸。
環球技術學院環境資訊管理系助理教授張子見表示，依國科會新方案推估，中期水源不會超過一萬噸，目前方案一噸水成本將達一百多元「太過奢侈」，他建議由芳苑工業區每天排放的十萬噸廢水回收再利用，或取農業尾水加工處理，成本可減少廿倍，農委會應硬起來捍衛農業用水。
根據農委會資料顯示，每天調度六．六五萬噸農業用水，僅占集集攔河堰三％，不過，引水工程取水口設置於莿仔埤圳，當地缺水率已從九十一年開始向上攀升，九十九年缺水率高達四成七。護水女作家吳音寧質疑，「我們的水有如負債，為何政府還能理所當然予取予求？」
吳音寧說，莿仔埤圳沿線採行「供四天、停六天」輪灌制度三十年，沒水時農民只得抽取地下水灌溉，十年前水源遭集集攔河堰攔截後，下游更頻繁抽取地下水，導致地層下陷向內陸蔓延。抗爭一年，反中科自救會痛批「政府像強盜」，明天當地農民、相關環保團體將再度要求國科會：立即停止搶水工程。