20日清晨的一陣強降雨，造成台南市多處地區出現積水，其中三爺宮溪流域沿線最為嚴重，太乙工業區平均積水高度超過40公分，且水勢來得又急又快，許多廠商來不及應變，損失慘重。賴清德下午率領市府水利局官員與工業區業者代表座談，說明治水計畫及進度。
賴清德表示，治水是他上任後最重要的市政工作之一，用多少經費都在所不惜。市府分兩個年度編列新台幣16億元經費，分4區塊投入5條河川的整治工作。三爺宮溪雖屬中央管河川，但市府照樣投入4億元預算，希望與中央一起解決問題。
他說，三爺宮溪在中山高速公路仁德交流道的萬代橋段出現瓶頸，是造成水患的主因之一，他在任內一定將這個問題解決，希望廠商們也能有信心。
市府水利局長李孟諺表示，三爺宮溪整治工作分短、中、長期規劃。由經濟部水利署第六河川局施作的滯洪池工程已在進行，24公頃的滯洪池容量約60萬立方公尺，預計在明年5月完成。
李孟諺表示，市府將在三爺宮溪施作應急堤防加高工程，配合利用溪旁的市有地進行河道拓寬，預計在今年可以發包。市府並規劃沿東區裕孝路至仁德區文華路，開闢大型截流箱涵，將來自東區的地表逕流導引至滯洪池，減緩大雨時匯入三爺宮溪的水量。
他說，三爺宮溪在萬代橋段，寬度由原本的25公尺縮減為16公尺；因高速公路橋墩設計的原故，河床高度還比上游高出1公尺，造成水流瓶頸。市府將配合中央評估改善工程，水利署已承諾給予相關經費支援，希望明年可以順利開工。