特偵組於五月廿一日以違反國家機密保護法起訴陳水扁，一名資深檢察官認為，不只是這次的時間點敏感，扁案其他重要時間點，也都讓人感覺「太巧了」。二○○八年的五二○當天，馬總統首任就職、陳水扁卸任總統沒多久，特偵組就召開記者會，宣佈將扁列為貪污案被告，啟動偵查，如此的快動作實在太罕見。當時就被許多民眾認為，特偵組根本是送大禮「祝賀」馬英九就職。
有別於上次的祝賀意味濃厚，這次五二○馬英九在民調低迷中就職，檢方這次的動作，也因而被認為「圍魏救趙」的意圖濃厚。
台灣客社長 抨擊馬政府在凌遲陳水扁
此外，前總統府資政彭明敏和台灣客社社長張葉森昨出席推薦羅致政參選新北市黨部主委的記者會，也對檢方起訴時機提出質疑。彭明敏舉美國為例，指美國總統卸任後，都有建自己的圖書館，把自己當時的文件都集中在那個圖書館。張葉森也抨擊這是馬政府在凌遲陳水扁。
彭明敏：美總統卸任 都建圖書館放文件
彭明敏指出，扁若拿了機密文件，應早就被察覺，為什麼在他卸任四年後，且在馬英九總統連任就職隔天，就被起訴，這個時間點讓外界覺得奇怪，確實會被質疑。
他並指出，美國總統卸任後，都有建自己的圖書館，把自己當時的文件都集中圖書館。
張葉森表示，馬英九每次碰到自己的支持度低迷時，就拿扁的問題來消費、炒作。尤其在馬英九總統就職隔天，特偵組就起訴阿扁，這是馬政府在凌遲陳水扁，意在鞏固深藍的支持者。
前行政院長謝長廷昨主持廣播節目時也說，有人說特偵組此時起訴阿扁，時間很湊巧，有人說這是在消費阿扁，大家感覺這是把阿扁當成提款機。