高英茂說，馬英九總統在就職演說中提及「一個中華民國，兩個地區」，會讓ＷＨＯ更認為馬政府「默認」世衛密件將台灣列為中國一省的立場。
有關向ＷＨＯ的抗議問題，高英茂表示，目前在ＷＨＯ的抗議有兩個，一是馬政府的抗議函，另一是歐洲議會友台小組的抗議信函。馬政府的抗議似乎「太低調」，ＷＨＯ至今根本無任何回應；歐洲議會友台小組去年六月十四日聯名寄出措詞強烈的抗議信函給ＷＨＯ，世衛在去年七月四日就回函歐洲議會友台小組，強調根據世衛大會第二十五．一號決議，「世衛就持續認定台灣是中國的一部分」、「除非世衛大會決議改變，秘書處將持續遵守這個決議的字義與精神」。
他說，馬政府的抗議聲音不夠大、立場不堅定、太過軟弱，而ＷＨＯ的運作還不夠透明化，因此必須追溯去年管碧玲揭露世衛密件後，「馬政府是不是默認這份文件？」「二○○九年出席世衛大會的談判程序為何？」
高英茂指出，若我方在關鍵時刻公開、透明地提出抗議，ＷＨＯ應會明確回覆我們，但現今馬政府推行親中政策，把國際問題兩岸化，ＷＨＯ至今未回覆台灣政府的抗議，他質疑「難道馬政府默認世衛密件將台灣列為中國一省的立場？」