檢方指出，陳水扁在民國97年3月總統大選後，為繼續掌握擔任總統時取得的公文及機密資料，做為私人用途，竟指示幕僚，將執政8年期間國安會、國安局、國防部、外交部及調查局等單位提供的重要文件，全數打包運往位於台北市館前路的卸任總統辦公室。
檢方查出，陳水扁侵占、隱匿文件數量高達1萬7375件，其中3419件屬國家機密；由於公文數量龐大，檢方偵辦時，歷經8次啟封證物程序、33個部會協助會勘、訊問相關證人43人次，並到台北監獄就訊扁16次。
檢方指出，陳水扁供稱文件看完都交由幕僚處理，他個人不清楚；並說總統有權銷毀這些文件，擁有處分權，不構成侵占。
但檢方傳喚相關單位人員作證，指相關文件具公務性質，不能挪為私用；且據總統府文書處理手冊及相關法規，扁卸任後應將文件繳回原發單位，因此認定陳水扁說法不足採信。
檢方調查認定，陳水扁侵占、隱匿文件，是為日後撰寫回憶錄及用作自身所涉訴訟案件答辯依據，同時蒐集相關政治人物的不利事證，以轉移輿論焦點；其中前調查局長葉盛茂證稱，陳水扁曾特別針對前總統李登輝所涉新瑞都案、國安密帳案等案件，要求提供原始調查筆錄等資料。
檢方上午偵結，認為陳水扁時任總統時身為國家最高領導人，竟侵占、隱匿國家公物，且數量龐大，對國家安全、國防及外交等危害甚鉅，依侵占公物、隱匿公務員職務上掌管文書及違反國家機密保護法等罪嫌起訴。
檢方認為陳水扁犯後飾詞卸責，還諉過給幕僚尤無可取，原應從重量刑；但考量資料並未外洩，未釀成實害，因此建請法院量處適當刑度。1010521
（中央社記者吳翊寧攝 101年5月21日）