馬總統中午在總統府舉行就職中外記者會，在答覆媒體記者問題時，作以上表示。
總統說，兩岸間互動愈來愈密切，也會逐步深化雙方互信，他在就職演說中提到「鞏固和平、擴大繁榮、深化互信」就是這樣的道理。
他指出，兩岸剛開始接觸時，雙方人都不認識，簽了16個協議，很多雙方主管人員都認識了，也能夠很快的解決一些相關問題。例如前不久金門莒光樓有一位上將的勳章被偷走，發現是一名大陸旅客偷的，這名旅客還沒有回到大陸的家，就在火車上被公安人員逮捕，這也是因為雙方合作的快，才能有這樣的效果，這就是一種互信的展現。
至於媒體詢問是否主張或同意設立兩岸和平發展委員會，總統說，他有聽到一些團體提出這樣的主張，但是不太了解的地方是，現在大陸事務的決策是不是有什麼問題需要做大幅度調整？體制外的組織，立法院一向是反對，因為會把現行制度打亂。
總統表示，現在大陸事務在行政院是大陸委員會主管，同時在行政院長到總統的國安會，是一個很完整的體系，任何涉及人民權利義務的法律保留事項，都要送到立法院審查，它有一個負責的機制，例如兩岸經濟合作架構協議（ECFA）送到立法院是逐條審查。
馬總統說，所以目前為止，運作得還算順暢。