馬英九總統20日宣誓就職，並發表演說。馬總統表示，「以兩岸和解實現台海和平」、「以活路外交拓展國際空間」、「以國防武力嚇阻外來威脅」是確保台灣安全的鐵三角，必須同等重視、平衡發展。
在兩岸和解部分，馬總統重申，中華民國憲法是政府處理兩岸關係的最高指導原則，兩岸政策必須在中華民國憲法架構下，維持台海「不統、不獨、不武」的現狀，並在「九二共識、一中各表」的基礎上推動兩岸和平發展，而所謂「一中」，當然就是中華民國。
馬總統並指出，兩岸20年來的憲法定位就是「一個中華民國、兩個地區」，歷經3位總統都不曾改變，這是最理性、務實的定位。兩岸之間應該要正視這個現實，求同存異，建立「互不承認主權、互不否認治權」的共識，雙方才能放心向前走。總統說：『(原音)20年來兩岸的憲法定位就是「一個中華民國，兩個地區」歷經3位總統從未改變，這是最理性務實的定位，也是中華民國長遠發展、保障台灣安全的憑藉。』
馬總統表示，未來4年，兩岸要開拓新的合作領域，深化互信。他除了期盼兩岸民間團體能在民主、人權、法治、公民社會等領域有更多機會交流與對話，也期盼中國大陸的政治參與逐步開放，人權與法治日漸完善，公民社會自主成長，以進一步縮短兩岸人民的心理距離。
馬總統也強調，台灣將持續以活路外交拓展國際空間並增加國際貢獻，希望未來在國際非政府組織中，兩岸可以彼此相容、相互協助，發揮更大的正面效益。另外，未來4年，政府仍將向外採購無法自製的防衛性武器，以「創新、不對稱」思維建立量少但質精的國防武力，捍衛中華民國主權。