馬總統上午穿著黑色西裝、繫金色黑斜紋領帶，與穿著黑色套裝的夫人周美青，一起進入總統府；副總統吳敦義同樣穿著黑色西裝、戴紅色領帶，吳敦義夫人蔡令怡則穿著墨綠色改良式旗袍，肩披紅色披肩。
典禮從唱中華民國國歌開始，馬總統面向國旗與國父遺像，大聲領唱國歌；國歌唱畢，總統領在場人員向國旗及國父遺像行三鞠躬禮。
隨後，馬總統在司法院長賴浩敏監誓下，高舉右手大聲宣誓；宣誓後，總統府前廣場響起禮砲。總統接著從王金平手中接下中華民國之璽、榮典之璽、總統之印及總統之章。
宣誓典禮結束後，總統發表以「堅持理想、攜手改革、打造幸福台灣」為主題的就職演說，強調以五大支柱為基礎，全面提升台灣的全球競爭力，讓台灣在未來4年脫胎換骨、邁向幸福。
馬總統就職演說前的問候，特別加入「網路上的朋友」，並用國語、台語、客語及原住民語，向大家問好。
中華民國國璽有二，一為「中華民國之璽」，一為「榮典之璽」。新任總統就職時，依「印信條例」規定由立法院長授與「中華民國之璽」及「榮典之璽」，代表國家權力象徵及政權傳承，賦予新任總統國家大政及責任，為中華民國全體國民所付託。
「中華民國之璽」為代表國家印信，蓋用於國書、領事證書等外交事務文件；「榮典之璽」為國家元首授與榮典印信，蓋用於勳章證書、褒揚令等榮典文件。