過去四年，一黨獨霸的國民黨「完全執政」，但行政、立法兩院互動，不僅在野立委不滿意，藍營內部也經常扞格不入；放眼未來四年，同樣完全執政，但國民黨在國會已成脆弱多數，部分藍委也有強烈自主權，若動不動就將「馬手馬腳」伸進國會，只會加速馬的跛腳效應發酵。
「馬手馬腳」動不動伸進國會
馬總統想追求歷史定位，不但在野黨看衰，藍營也憂心落空。民進黨團總召柯建銘說，「歷史定位免談，馬能坐穩位置，就已經一百分了。」馬系立委吳育昇也說，如果再不把立法部門納入決策體系，馬的歷史定位希望恐怕落空。
藍、綠立委的共識就是，如果馬式決策風格不改，馬腳要再踏進國會，只會蹣跚顛簸。
重振黨紀 防止骨牌效應發生
從國會角度觀察，第二任的馬步能否站穩，就看開放瘦肉精美牛案是否成為第一張倒下的骨牌。美牛案如果沒處理好，藍營恐怕傷骨、傷肉。因此，最近藍營翻箱倒櫃，找出塵封已久的黨團運作內規，重振黨紀，就是要防止發生骨牌效應，馬也需續控黨機器，才可能遂行意志。
國民黨政策會執行長林鴻池指出，不會有跛腳問題，因為馬總統仍是黨主席，下次總統、立委選舉由誰提名，就是關鍵因素。他認為，黨紀是貫徹政策意志的重要工具，否則以藍營的席次，「確實很難作戰」，但黨紀只是「輔具」，最重要的還是政策正當性。
不過，柯建銘認為，帶人要帶心，黨紀作用不大，馬如果強調黨紀，象徵自己無能、弱化，而且適得其反，只會愈來愈跛腳。他送給馬總統的五二○就職禮物只有「下詔罪己」四字，否則奢談改善國會關係。
但國會運作不是只有行政、立法兩院互動問題，國會改革也不容忽視，現行單一選區兩票制所衍生的政黨得票率與當選席次比率「嚴重不對等」，以及「票票不等值」爭議，即是值得關注的課題。
以第八屆立委選舉為例，區域及原住民立委共七十九席，國民黨當選四十八席，得票率為四十八．一八％，當選席次比率卻高達六成；反觀民進黨，得票率達四十三．八％，僅當選廿七席，當選席次比率只有三成四。
柯建銘表示，要國民黨吐出嘴中的肥肉，何其困難，放眼未來四年，他不抱希望；對民進黨而言，國會改革議題要看未來的黨主席與二○一六大選候選人。
林鴻池不諱言，有關國會改革議題，包括馬總統在內「從來沒有思考這個問題」，畢竟單一選區兩票制至今才實施到第二屆，還需要時間；至於票票不等值問題，各國皆有，修憲時民進黨又不是不知道。
諷刺的是，在第一任就職前，馬總統曾經承諾兩年內要推動國會改革，馬連任了，卻完全看不到國會改革的曙光。