交通部航港局統計，2011年小三通每天有21航班，全年旅客運量達146萬人次，創歷史新高。
航港局說，現在小三通兩岸對開最晚航班是傍晚5時30分，試辦夜航暫時未新增航班，而是將現在最晚的航班時間挪後到晚上7時；如果航行安全、旅客使用習慣都沒問題，未來可能再將夜航時間延到晚上9時，並可視需求增加航班。
為試辦小三通夜航，航港局已完成船舶夜航設備審查、船員訓練、航路規劃、緊急應變訓練，並與廈門有關單位完成模擬搜救應變演練。
航港局說，小三通試辦夜航後，金門縣政府將有一系列行銷活動，希望帶動地方觀光旅遊產業發展。