民主進步黨籍立委段宜康最早提出質詢，認為試場學校不應將80多名身障生考生擠在同間教室，造成考生相互影響；教育部第一時間回應說，考生沒有提出額外申請。
但在放榜時，有考生發現考上的學校比自己成績高很多，向試務單位反映；試務單位清查後發現，是電腦版本不同，造成500多名考生受影響，緊急以外加名額方式，讓高分低就考生如願，而低分高就的考生則維持原來志願。
教育部今天到立法院進行「辦理身心障礙學生升學大專校院甄試」檢討報告；報告中指出，會強化考場服務品質、教室容納量及考生應考空間寬鬆原則，並且鼓勵各大學盡量提供足夠的外加招生名額，以滿足身心障礙生的期望。
立委對試題也有意見，段宜康說，國文有一題題目有問題；他並認為考題無法測驗考生國文程度，比較像電視節目「百萬小學堂」的題目。
教育部長蔣偉寧數度道歉，他對此案表達誠摯的道歉之意，「教育部處理不當，我負全部責任。」坦承整個甄選考試辦理過程缺乏基本同理心，非常不理想，一定會深刻檢討；教育部也會組成專案小組進一步檢討。
蔣偉寧還說，會和各校協商，鼓勵各大學提供充足的外加名額，提供給身障生。
針對試題，教育部特教小組執祕林坤燦表示，希望能由考試專責單位辦理，但是甄試內容包括大學、四技二專、二技等，考試科目數達61科，考試種類多元且異質性大，恐有困難；也會考量是否由某所大學長期辦理，建立試題題庫，使考題更精準和具有鑑別度。
大學入學考試中心洪冬桂副主任坦言，大考中心專業是升大學的考題，非大學的考題恐有困難。
身障生是社會中弱勢者，一點點疏忽，會造成身障生的不便，如同蔣偉寧所說，應該要以同理心來處理事情；中國國民黨籍立委楊玉欣還首度到教育及文化委員會質詢，她說，政府應該大幅改善對身障生保護，讓台灣人引以為傲。