水利局總工程司黃文彥表示，他曾坐船下水實地體驗，發現運河盲段（中國城）的河水確實比較臭，尤其天氣炎熱時，因底泥發酵，加上流速小，會比平常還要臭，目前該局已積極尋求改善中。
台南社大環境小組研究員晁瑞光表示，運河的水又黑又亮，散發的惡臭不要說人受不了，連迷途游進運河的水母也都毫無活力，盲段惡臭的老問題迄未見改善。
黃文彥表示，水利局成立後，已逐一檢視運河的雨污水排放口，發現還有四十一個大小不一的箱涵及排水口，尚未納入截流，因此雖設有截流站，但還是會有部分家庭污水排進運河。
其中，有十個排水口最為迫切需要改善，水利局已委託顧問公司評估納入截流系統，但地下管路十分複雜，工程相當艱難，仍需較多的時間來處理。
他表示，目前一方面計畫將排水箱涵納入截流，一方面持續進行家戶污水下水道接管，待完成後，相信運河水質會有明顯的改善。