針對特偵組以前總統李登輝挪用外交部援助南非總統曼德拉經費，成立台綜院第4所，將其以貪污罪起訴，李登輝今（15）日接受三立「大話新聞」訪問時說，成立第4所是國安會決議，並由國安局出錢的；而國安局是把先前待墊給外交部援外預算的錢拿回來而去成立第4所的。說他貪污，真的很侮辱他。
對於為何成立台綜院第4所，李登輝接受訪問時表示，當初是因為國家安全會議決議而要設立戰略研究所的。他說，當年他有派人去美國蘭德研究所（Rand Corp.），共派2次，但各種重要的資料都不給台灣看。其次，費用也太貴了，只是去那裡短期受訓而已，所以才認為自己國家應該有一個國家的戰略研究所。
李登輝說，因此，國安會通過，戰略研究所由國安局負責拿錢出來，交給台綜院來設立。他是安全會議的主席，由祕書長殷宗文開會通過後，撥的錢是以前幫助南非曼德拉總統的錢。他強調，外交部這個錢是安全局替外交部付的錢，所以外交部這個錢應該要還給安全局，安全局用這個錢再交給台綜院成立戰略研究所。
因此，他認為，用這個理由說是他跟安全局局長和台綜院串通，拿國家的錢給民間用，「真丟臉」，也「侮辱我」。「我根本沒有貪污」。