據了解，陳水扁是否特赦引起社會紛擾，政界有不少星雲的弟子多次關切，希望星雲大師出來表達意見，雖然這些弟子以綠營居多，但也有部分藍營人士看不下去馬政府遲遲無法解決，希望透過宗教領袖的力量形成社會共識。
然而，佛光山都監院長慧傳法師說，之前從未聽星雲大師說過對陳水扁、林毅夫問題的看法，大師應是臨時起意；慧傳指出，佛誕節活動當天星雲大師致詞很簡短，除了因感冒有點不舒服，也可能是突然想起陳水扁和林毅夫。
星雲昨晚表示，馬總統曾說沒考慮特赦陳水扁，他才想到可循張學良模式拘禁陳水扁，讓他可安享天倫；但星雲強調，對政治問題個人不想表達意見，後來認為出家人憫念蒼生，才選在佛誕節、母親節時，鼓起勇氣表達意見。
他說，佛誕節活動當天因重感冒一直咳嗽，沒當面向馬總統溝通這個想法，昨天佛光山發出公開信，也同時派人送專函到總統府，不過因馬總統不在府內，尚未看到信函，佛光山直到昨天深夜仍未收到總統府的相關回應。