根據判決書指出，漁業署所屬的漁業巡護船於民國98年2月間在屏東東港外海查獲鄧姓男子的漁船，因懷疑該船違法經營海上船屋，將船上50名外籍船員押回高雄港接受調查。
因外籍船員眾多，漁業署將船員暫置高雄區漁會前鎮漁市場岸置處所，並分批執行遣返工作至同年3月24日止。
漁業署認為，這段期間所支付船員的住宿、餐費、零用金等，新台幣98萬多元應由船主及船長負擔，因此提起行政訴訟，請求返還款項。
漁業署被高雄高等行政法院駁回後提起上訴，最高行政法院將原判決廢棄發回更一審，判鄧姓船主要付這筆錢給漁業署；鄧男不服，提起上訴。
漁業署主張，鄧男未將漁船運用在漁業用途，反而違法經營海上船屋載送、安置未經登錄的外籍船員，經漁業署查獲後，才衍生安置、遣送費用，鄧男應基於公益原因與私法契約負擔支出。
鄧男則認為，這批船員並非依入出國及移民法入境的，且依相關法律，漁業署並非漁業法或入出國及移民法的主管機關，無對船舶實施登臨、檢查、扣留或留置的權限。漁業署請求他返還外籍船員費用是屬公法上關係所生的爭議，不得請行政法院審判，在程序上就應予駁回。
高雄高等行政法院認為漁業署是行使合法職權，代替鄧男監督管理及將外籍船員送返的公法上事務，判決鄧男返還漁業署98萬多元。
最高行政法院審理認為，並無任何主管機關作成行政處分，令鄧男有留置送返船員的義務。
此外，最高行政法院認為，漁業署是為調查鄧男等人是否涉有犯罪，才將船員帶返高雄接受調查，與入出國及移民法內「運輸業者」申請臨時入國或過境過夜住宿者的情形不同，判決漁業署敗訴確定。