台灣水資源保護聯盟發言人陳椒華說，彰水會以每噸三．三元將水賣給中科，中科還花二十二億幫彰水會出錢蓋引水工程，未來每年還要付彰水會六千兩百六十二萬元營運管理費等，平均每噸水的成本達九十二．五元，但中科卻以每噸水一．九二元的低價賣給台灣自來水公司，中科浪費人民的納稅錢圖利彰水會、自來水公司。
此外，中科管理局疑似私自竄改環說書，包含期限和內容等有多處不同的地方，中科、彰水會和國科會也應該出面說清楚，盡快解決該案。
環保署長沈世宏表示，環說書借水年限從一○四年被改成一○五年，內部將檢討，並追究責任。國科會昨天則指出，中科環評當時核准可借水至一○四年，後來卻延長為一○五年，主因在於「大度攔河堰」工程晚了一年才開始，因此延長到一○五年。
中科管理局局長楊文科說：「絕對沒有偽造文書、也沒有圖利。事實就是事實。」呂炉山昨天出國，陳釘雲電話關機。彰化農田水利會總幹事林永傳代為出面駁斥外界的說法，林永傳強調，中科管理局每年付給彰水會六千兩百六十二萬元的營運管理費，都用在調度人力及設備上，沒有一分一毫進私人口袋。
國科會副主委賀陳弘昨表示，目前正在進行中科四期轉型修正計畫，預計六月初送交行政院，需要水量會比原用水量少很多倍，對於中科未來每年還需負擔六千多萬元管理費，他表示：「從未聽說此規劃。」