代表處經濟組5月9日傍晚正式發布的通告中說，黃岩島對峙事件已引發多起菲國民眾向中國大陸駐菲大使館的抗議行動，5月11日大陸駐菲領事館前料會有大規模反陸示威活動。
位於馬卡蒂市（Makati）的大陸駐菲領事館，與中華民國駐菲代表處僅數百公尺的距離。
通告說，由於中華民國也發表南沙群島為固有領土的主張，且菲國人民不易辨別台灣人與大陸人的差異，為避免與激進菲國民眾發生衝突，造成生命財產損失，旅菲台灣人在事件平息前，務須注意自身安全。
駐菲代表處表示，如果台商察覺任何異樣，應即通知駐處，以利協助因應。
這份通告已透過電郵、傳真等方式，傳送給菲律賓台商總會、菲律賓台灣工商總會、菲律賓南線台商會、菲律賓蘇比克灣台商會、旅菲加美地台商協會、菲律賓棉蘭佬台灣商會、菲律賓宿霧台灣協會、菲律賓台灣同鄉會等組織。
中華民國駐菲代表王樂生說，代表處於4月底即已口頭知會各台商組織緊急聯絡窗口，提醒台商注意自身安全。
菲律賓和中國大陸船艦於4月10日開始在南海黃岩島對峙，菲律賓人感覺受到大陸「霸凌」。總部設於紐約的菲僑組織「菲美良政」，已號召動員散布全球220國的1200萬菲僑，於11日到各僑居地的中國大陸使領館前示威，聲援菲律賓政府捍衛黃岩島主權。1010510