在野黨立委則質疑，小組成員不具庫賈氏症專業，同一批人過去兩年考查報告相似度更達百分之百，呼籲政府邀請具代表性的民間專家加入考察團，否則他們不會承認報告結論。
台聯立委林世嘉批評，考察小組七天行程，竟要花費三百萬元公款，且小組成員層級最高的，只是農委會參事，毫無學者專家在內，她強烈質疑農委會讓考察團變「觀光團」；民進黨立委陳亭妃也認為，這樣的考察行程根本不具意義，無法做為是否禁止進口美國牛肉依據。
農委會主委陳保基指出，查廠是依法執行的公務行為，團員都是國內的獸醫流行病學專家，其中農委會參事宋華聰不僅是前任的防檢局長，還寫過教科書，都是國內專家，查廠期間每天會有報告傳回台灣，若有新的發現將隨時向國人報告。
農委會副主委王政騰指出，這次查核重點為牛齡鑑定、牛隻屠體分齡區隔冷藏、特定風險物質的去除、工廠執行美國相關衛生法規品管計畫的情形等，若查核發現有不符合規定，則按照「台美牛肉議定書」，暫停牛肉輸台。