故宮今天針對嘉義縣政府指出，故宮南院主展館規劃僅有3.6萬平方公尺，與內政部94年核定的6萬平方公尺相差太大、故宮南院主展館樓板面積縮水、未來BOT權利金應分給縣府等事宜，提出新聞稿澄清。
故宮表示，故宮南院定位為「亞洲藝術文化園區」，博物館主體建築總樓地板面積，依民國101年「變更國立故宮博物院南部分院開發建築計畫申請書暨開發事業計畫書圖」設計結果，比行政院在93年核定的3萬3947平方公尺微幅增加至3萬5000平方公尺，建築總樓地板面積微幅增加。
而93年「國立故宮博物院南部院區籌建計畫書綜合規劃」所訂的相關藏品庫房空間為2711平方公尺，目前姚仁喜所規劃的典藏空間為5085平方公尺，是原來典藏空間的1.88倍，已符合國際級博物館規模。
另外，嘉義地區因夏季經常有缺水現象，故宮南院周邊農田都採輪灌制度，由當地農田水利會分區分時提供相關農業用水，故宮表示，未來故宮南院佔地70公頃景觀園區也將面臨供水需求，相關費用將由故宮編列，也將協商當地農田水利會配合供水以及地方政府給予支持，以能維護園區整體景觀，不致因旱季而影響綠化成果。
故宮也指出，有關故宮南院BOT案的權利金分配，故宮將依主管機關（行政院公共工程委員會）的相關法令規定，都解繳國庫。
故宮表示，故宮南院建設，相關政府團隊同為地方建設打拼，相關討論與研商應在和諧氛圍下理性為之，就事論事，共同推動故宮南院之籌建，謀取地方民眾之福利。