不過由於立法院對此案反彈聲浪相當大，行政院在院會通過開徵證所稅的修法草案之後，卻破天荒決定暫緩將修正草案送交國會審查。行政院秘書長林益世對此解釋，政院將優先與立委溝通並化解歧見，過一段期間後，才會把證所稅案送立院審議。
財政部長劉憶如表示，證所稅預定明年上路、民國一○三年報稅時申報；不過，她坦言，由於各方壓力湧現，立法院也需要朝野協商期，要趕在立院本會期結束前，證所稅三讀立法的難度很高。
財政部四月中旬提出證所稅版本後，隨即引發券商與各方勢力反彈，經政務委員管中閔兩度召開審查會，行政院長陳冲前晚率相關部會向馬英九總統簡報，終於讓復徵證所稅拍板定案，昨天也順利排入行政院會議程並火速通過審查。
根據政院版證所稅方案，個人申報證所稅部分，不僅課稅門檻與稅率放寬，為鼓勵股民長期持有股票，只要持有滿三年以上，證所稅額可減半；財政部原打算課徵個人期貨交易所得稅，也遭刪除。
此外，股票如有虧損者，政院版證所稅虧損額度可連續三年累計，第四年申報證所稅盈虧互抵，倘若盈餘扣除虧損後，盈餘仍超過四百萬元，才需要繳納證所稅，但因連續三年持有因素，證所稅得減半繳納。
法人部分，政院版回歸最低稅負制，申報門檻由兩百萬元降到五十萬元，稅率由現行十％至十二％，調高為十二％至十五％，財政部保守估計可增加數十億元國庫稅收。
劉憶如昨在院會後的記者會也說，淨利超過四百萬元以上才需要課稅，這些人幾乎都是券商的ＶＩＰ客戶，政府復徵證所稅目的是要建立制度，「讓金字塔頂端的人對社會多一點貢獻！」
至於外界關切人頭戶問題，劉憶如認為人頭戶被查獲，將罰應納稅額的兩倍，應有嚇阻效果，她還說「（股票賺四百萬以上）這就像中樂透一樣，繳點稅金應該沒關係。」
根據財政部資料，個人與法人證所稅原先採最低稅負制，全部法人約七十六萬戶，僅一千七百戶繳納；個人部分共五百五十萬，僅約一千一百一十人繳納，實施新版證所稅方案，推估總課稅約在兩萬戶以內，可貢獻國庫至少百億元。