券商公會表示，證所稅方案將造成「稅收不會增加、稽徵成本高漲、資本市場重創、經濟發展衝擊，證券業沉淪」等悲慘狀況。
券商公會理事長黃敏助表示，財政部以往都對外說明台灣證交稅包含有證所稅的內涵；財政部網站和許多出版品上都寫得很清楚，「我國證券雖無資本利得稅之名，但有針對資本利得課稅之實」。
券商公會主張，千分之3證交稅已含證所稅，證券投資人，尤其是自然人，在外資可豁免情況下，更不應該再被課徵證所稅。
券商公會也試算，依股神巴菲特投資所獲得的年平均報酬率為8%至9%，若投資人進出股市，長期投資報酬分別為年報酬12%、10%、8%、6%試算，再按行政院的證所稅版本計算發現，投資人投資獲利，繳交的證交稅與證所稅占所得比例，分別高?42%、56%、83%、150%，遠比綜合所得稅最高稅率40%高出多倍。
依上例，投資人繳交的證交稅已經比財政部草案所要課徵的證所稅高出許多，投資人在股市獲利，實際上已經繳了比證所稅還多的證交稅。
券商公會呼籲，政府租稅改革應以穩健的腳步進行改革，而不是以「租稅公平」虛名，貿然推出錯誤的政策，未蒙其利先受其害。
券商公會建議立法院，退回財政部微調版本，維持課徵證交稅、不課證所稅。
券商公會也推出自己的證所稅版本，對法人採最低稅負制，免稅額新台幣200萬元，稅率10%，且持有滿 2年者稅率減半，全年所繳的證交稅得抵稅，抵稅後若有餘不退、不足須補繳。此外，由財政部財稅資料中心歸戶出報表，除了手續費用及證交稅之外，其他必要費用由法人列舉扣除。
個人部分，則待法人交易量占總成交量過半時，始比照法人辦理。