國防部晚間發布新聞稿表示，民國98年上半年陸續爆發包括國防部與國安局等將領，以及政府官員涉嫌貪瀆的案件，當時亞洲政經風險顧問公司發表有關亞洲地區國家貪汙評比報告，結果台灣的貪汙程度竟然比中國大陸還要嚴重。
國防部說，總統馬英九當時認為對政府及國軍的聲譽，造成極大的傷害，因此要求行政與司法部門在毋枉毋縱的原則下，積極查辦弊案。偵查結果除極少數涉案人員依法究辦外，絕大多數人員均獲證明清白。
國防部指出，根據法務部「法務部100年台灣地區廉政指標民意第一次調查報告書」資料顯示，民國98年至100年民眾對軍人廉潔度排名，連續2年向上提升，其中99年第6名，100年躍升至第4名。
另外，有關媒體報導「國防部要國軍多吃素」新聞，國防部表示，依據環保署民國97年策頒「節能減碳無悔措施全民行動方案」推動節能減碳十大措施，國防部配合訂頒「國軍推動節能減碳綱要計畫」，其中第8項「多吃素食少吃肉」，屬鼓勵性質，執行情形並未納入督訪評核項目。
國防部說，國軍參與「低碳蔬食」活動單位，以每週一餐推動「低碳蔬食日」，菜色係以蔬食為主，葷食為輔，未強制執行，並鼓勵官兵吃的營養均衡吃出健康。
國防部指出，國軍每日所提供繕食，無論葷、素食，均符合官兵基本熱量需求，不會影響體能與體力。