有關集會結社自由，人權報告指出，僅因集會遊行違反警察之命令解散做為處罰要件，不符合公約保障和平集會之權利；政府應持續加強推動相關修法，強化人民集會遊行權利之保障，改進方向包括：許可制修正為報備制、限縮警察命令解散權、放寬報備時限、限制行使命令解散等。
蔡季勳說，五二○民間將發起大規模集會遊行，她擔心不懂尊重人民基本權利的警方，會重演二○○八年陳雲林來台時，以國家暴力侵害人民權利，讓國家戒嚴幽靈再次出現。
此外，有關刑求逼供，人權報告指出，受酷刑之被害人可向檢察官提出刑事告訴或告發，監所之收容人受到酷刑對待得提出申訴；報告指出，「但二○○六年至二○一一年，矯正機關或警政督察單位並無接獲此類申訴案件」。
顧立雄批 台灣司法仍存在刑求
民間司改會常務董事顧立雄批評，台灣司法仍存在刑求取供，及重罪第三審無律師辯護等問題，完全無法達到兩公約的水平，但國家人權報告對此僅臚列法律條文，無任何實質檢討；這種情形若無法改善，台灣無法被稱為人權國家。
另外，關於「核子設施」，報告指出，核廢料送往蘭嶼存放，該島居民長期抗議，政府應在最終處置場完成選址並竣工啟用後，儘速完成蘭嶼廢料遷移作業。核廢料遷離行動小組召集人希婻．瑪飛洑批說，核廢料處置漠視達悟族人權，這份人權報告是「馬不知臉長，說謊不打草稿」。