廢除死刑推動聯盟昨也發出聲明稿，強調要廢死刑就要絕對廢除，不要含糊其詞；馬總統若有誠意推動廢除死刑，就應拿出具體作為，不要只是消極刪除已荒廢的相關條文。
台灣伴侶權益推動聯盟成員簡至潔表示，台灣早在一九八六年就有同志希望至法院要求公證結婚，如今廿六年過去，同性戀組織家庭權利卻毫無進展；總統府此時提出報告，是刻意迴避同志婚姻身分關係合法化議題，「態度實在令人匪夷所思！」
總統府人權報告不僅遭人權團體批評，在野黨立委也不買帳。民進黨立委吳宜臻批評，總統應在上任後就依照兩公約內容提出報告，並據此作為執政四年內的政策導向與法規檢討，但四年來歷經文林苑等多個爭議事件後，「這份人權報告簡直是個大諷刺」。
親民黨團總召李桐豪指出，總統府人權報告應具體告訴人民，未來四年台灣的人權能達到什麼目標？能讓人民及國際有什麼樣的期待？總統應對保障人權有更好的說明及明確的指標。
國民黨立委王育敏則強調，報告不可能第一次就一百分，總統能講出「政府最容易侵害人權而不自知」，就顯示領導人有開放的心胸面對各界的檢視，台灣的人權才能進步往前走。