九十九年九月前市府與台南大學簽訂開發小巨蛋備忘錄後，對於經費與設置規模，台南大學修正內容，中央預算也一再縮水，議會還要求市府下通牒限期，否則收回土地。
賴清德表示，基於政府施政延續，他多次主動尋求中央全力經費支援，但中央對台南大學校區計畫經費，由原七十五億元縮減為六十億元，小巨蛋興建經費約廿億元，教育部至今也僅同意補助六億元，建校計畫內容至今尚未獲行政院核定，且未依照原簽定備忘錄的內容執行計畫，面積、人數及時程均不符合備忘錄承諾事項。
台南大學則強調，計畫興建一萬五千人室內體育館及二．三公頃停車場（備忘錄一．六公頃），預定一○五年完成，符合備忘錄內容，教育部也允諾補助六億元，校務基金自籌六億元，另貸款三．六億元，向行政院經建會爭取六億元，合計廿一．六億元，只要市府同意計畫、協力爭取就行。
賴清德與議員們表達極力協助，但希望台南大學能提出一個期程爭取中央核定及經費到位，如果無法達成，市府會尋求其他方式進行。