財政部版本中，除證券交易所得，並確定要將個人及法人的期貨交易所得納入課稅。然而，金管會率先提出異議，認為一般國家課期所稅為主、沒課期交稅；現在維持期交稅，還要課徵期所稅，這對我國投資市場競爭力顯然有不利影響。
對此，行政院長陳?昨日表態，金管會顧慮沒錯，並表示政院將兼顧二部會立場，找出複雜度最小的妥適解決方案，化解期貨市場疑慮。
據了解，行政院將擬朝法人及自然人的市場投資行為分類研究，再進一步評估，目前從法人操作模式來看，對現貨期貨均課所得稅有些道理，但從自然人來看，就未必需要都課所得稅。
期貨公會也發新聞稿強調：「期貨市場不適合課徵任何稅賦」，且期貨手續費已無下調空間；金管會表示，會再多聽聽業者聲音，協助向行政院及財政部爭取，至少應考慮全球多數國家，尤其是競爭國，都沒有同時課期所稅及期交稅。